Las medidas de protección aplicadas, la tranquilidad gracias al control de la navegación y de los visitantes, así como la riqueza en pescados de las aguas ha permitido un incremento espectacular de la población. El águila pescadora es el rapaz más escasa del Estado con un total de sesenta parejas, distribuidas en Andalucía, donde cría en embalses fluviales, en Balears que hay veintidós pares, y también en las islas Canarias. En el marco del Mediterráneo, además de las de Baleares, solamente se conservan a día de hoy en la costa de Marruecos, una veintena de parejas, pero que se encuentran en declive y en Córcega con veinte y cinco grupos, en este caso en expansión.
Cuando se declaró el Parque Nacional de Cabrera nidificaba solamente una pareja. Las medidas de protección aplicadas, la tranquilidad de que disfrutan las águilas gracias al control de la navegación y de los visitantes, así como la riqueza en pescados de las aguas ha permitido un incremento espectacular de la población. Éste 2017, los agentes de medio ambiente del Parque Nacional han confirmado la presencia de siete parejas, lo cual hace de Cabrera el espacio con más densidad de águilas del Mediterráneo, una pareja cada 1,7 km de costa comparado con Córcega que hay una pareja cada tres km, y en Marruecos, cada dos.
Cada año, técnicos de la Consejería, agentes de medio ambiente y ornitólogos del GOB anillan y colocan emisores a las águilas jóvenes, para incrementar los conocimientos sobre la especie.
Un factor clave en la evolución positiva de la población balear de la especie (que ha reocupado Ibiza, e incrementa sus efectivos en Mallorca cada año) ha sido la corrección de torres eléctricas donde se electrocutaba, gracias al convenio del Gobierno con ENDESA. Como nota curiosa, hay que destacar que su presencia en la costa de Palma es regular, y se observa con mucha frecuencia desde Cala Gamba hasta el interior del puerto.
